Заполняйте все строки, не важно просрочили вы платеж или нет.

За несвоевременную уплату авансовых платежей начислят только пени в размере 1/300 ставки рефинансирования за каждый день просрочки. Их спишут инкассовым с вашего рассчетного счета. 

Сначала нужно уплатить в фонды (кстати, это нужно было сделать до 31 декабря 2011), а потом уже можно снизить налог на 50%.

Кстати, в страховые взносы за ИП у вас будут меньше, чем 16, т.к. ИП зарегистрирован только в апреле. 

Нет, вы не являетесь плательщиком НДС, поэтому и возмещать ничего не можете. Не важно, что у вас там некоммерческая организация и целевые взносы.