Да, договор будет действовать. 

Инвестор и учредитель могут быть совершенно разными лицами.

Инвестиции можно оформить в качестве  займа, например. 

Т.е. вы будете учредителем, а она спонсором, кредитором, займодавцем. Называть это можно как угодно.

А ее процент с прибыли можно оговорить отдельно. Например, указать определенный процент в договоре займа. Или другими путями. 

Если вы обе будете учредителями, то вы будете являться совладельцем данной фирмы и, соответственно иметь равные с ней права. 

Если же она будет единоличным учредителем, а вы Ген.директором, то вы, как правильно заметили, будете лишь наемным работником.

Поэтому, либо оформляйте все на себя, либо становитесь с ней соучредителями. В противном случае, фирма вашей не будет.