Какой режим налогооблажения вы выбирите упрощенный, патент или общеустановленный? Во всех трех вы будете  платить подоходный налог и соц отчисления, просто в зависимости от выбранного режима сумма подоходного налога будет менятся.

У вас в любом случае будет ч.2 пункт В — значительный ущерб, вам повезло, что до особо крупного не дотянули, вынужден согласится с гос. адвокатом, 1 эпизод куда лучше 19, в дальнейшем знайте, что халявы не бывает, и не знание откуда мана сыпиться, не освобождает вас от ответственности. Лично от себя посоветовал бы вернуть деньги и компенсировать  процент, для того, чтобы закончить дело примирением сторон. Зачем вам изза 200к срок матать.

Либо оформить все официально в плоть до авторского права, либо если не доверяете этому программисту найдите другого, например занимаемся разработкой сайтов можем пообщаться.