Если используете IP телефонию, то можно интернет трафик пропускать через VPN, тогда вас отследить не смогут.
А вот тарифы за звонки будут взиматься согласно тарифной сетке того IP-оператора через которого осуществляются звонки в определенном направлении.
На сколько знаю со Скайпа в РФ звонить не так уж и дорого нежели к примеру в Беларусь.