на сколько я помню выбор между platform и engine… тоже не нашел ни чего с ходу в МСДН
тем не менее — platform это однозначно операционка (в первую очередь речь о различии desktop и mobile платформ) а engine — сам sql compact..
могу только предположить что то в духе того что на десктопах (и вебсерверах) криптостокость платформных средств скорее всего будет выше, а на мобильных платформах вполне возможно что и наоборот.
второй вариант — если сам база может копироваться между платформами, видимо проще использовать engine режим, если копирование исключается, видимо есть примущества platform ражима. опять же не готов точно указать в чем они могут заключаться