выплаты отпускных и больничных, соответствие трудового договора и справок 2ндфл - вопрос №192629

Здравствуйте. Подскажите пожалуйста, у меня с работодателем возник конфликт по поводу больничных и отпускных выплат, а также действия дополнительного соглашения к трудовому договору. Работаю в организации с октября 2009 года. С декабря 2010 с нами было заключено доп.соглашение, о том, что мы переведены на стажерство, оплата 47,99 в час. Срок стажерства 6 месяцев, и оговаривается, что по вновь полученной квалификацииработник по окончании стажерства должен отработать 12 месяцев. По справке 2НДФЛ зарплата проводится под 2-мя кодами — это премиальные выплаты ( в пределах 1000-1500 рублей в месяц за вычетом налога 13%) и иные выплаты (под ними проводят основную часть зарплаты называемую стипендией 47,99 в час за вычетом налога 13%). По доп.соглашению срок стажерства был окончен в июне 2011 года, но работодатель продолжает оплачивать труд по стажерству. Отпускные и больничные выплачиваются только с премиальных, объясняя это тем, что стипендия не входит в состав заработной платы, поэтому с неё расчеты никакие не ведутся. Имеет ли право таким образом работодатель оплачивать труд? В мае я ухожу в декретный отпуск и очень страшно представить какие выплаты на ребенка я буду получать от данного работодателя. На мои вопрос о том, как они будут рассчитывать они не отвечают, говорят мол придет время посчитаем и все. Очень нужна консультация по этому поводу.