1 группа: полноводный, пресноводный, глубоководный. Корень «вод» от слова «вода»
2 группа: птицеводческий, свиноводческий, пчеловод, — корень «вод» от водить, заводить. Я бы выделила 3 группу: птицеводческий, экскурсоводный — от слова «водить», это сложные слова, второй корень -«вод»-.