Училась заочно за свой счёт, работаю в бюджетной организации.При увольнении - вопрос №21210

Нет не могут. 

Процитированный Вами пункт трудового договора может распространяться лишь на случаи, если Вы направлялись на работу гос.организацией и она оплачивала расходы на Ваше обучение. В таких случаях обычно прописывается срок, в течением которого по окончании обучения работник обязан отработать в гос.организации.

Вы не указали какое образование вы получаете 9имеется в виду первое высшее или нет), так как возможно администрация предприятия, на котором вы работаете, взяло на себя ответственность и предоставило вам при получении второго высшего образования оплачиваемые отпуска.  Однако, даже этот факт не дает  администрации вашего предприятия  высчитать с вас  данные денежные средства, так как по закону о бухгалтерском учете взыскать с работника излишневыплаченные ему денежные средства можно только либо с согласия данного работника (на основании его заявления и приходного кассового ордера), либо  по решению суда. Но, полагаю, что в суд ваше руководство не пойдет.