Доброго времени суток. К первичным документам, на основании которых производятся записи в Книге учета доходов и расходов, относятся, в том числе, иные документы (например, товарные чеки, квитанции), подтверждающие прием (оплату) денежных средств за соответствующий товар (работу, услугу). Об этом сказано в Письме Минфина России от 06.12.2016 № 03-11-06/2/72657.

Определить, что предприниматель получил доход в рамках бизнеса, можно:
– по первичным документам, платежкам, договорам;
– виду имущества;
– коду ОКВЭД из ЕГРИП.
Указать на связь дохода от продажи имущества с бизнесом может и код ОКВЭД из ЕГРИП. Например, предприниматель заявил вид деятельности по продаже недвижимости или иной ОКВЭД, связанный с использованием земельного участка. Соответственно, доходы от продажи такого имущества следует относить к доходам от предпринимательской деятельности. 
В Вашем случае, если бы вид деятельности по продаже нежилой недвижимости у предпринимателя в ЕГРИП был заявлен и имущество использовалось в предпринимательской деятельности, при таких обстоятельствах считалось бы, что реализация здания и земельного участка должна облагаться в рамках предпринимательской деятельности.  В ином случае есть вероятность, что налоговая попытается признать реализацию вне рамок предпринимательской деятельности и потребовать уплаты НДФЛ без права на имущественный вычет, в связи с использованием имущества в предпринимательской деятельности.