Здравствуйте, Владимир!
Находясь в командировке, Вы также исполняли трудовые обязанности, т.е. фактически отрабатывали время.
Поэтому, несомненно, в расчет премии должно включаться время нахождения в командировке.
Не забудьте, пожалуйста, оценить ответ.