Подойдите к работнику, которому начислили лишние деньги, и попросите его лишнюю сумму внести в кассу, всё таки на одном предприятии работаете, думаю Вас должны понять.
Можете впринципе и удерживать с работника не более 20% со следующих з\п, только не забудьте составить соответствующий приказ и ознакомить с ним работника.