В соответствии с пунктом 2 статьи 54 Трудового кодекса РК (далее — ТК), расторжение трудового договора по инициативе работодателя по основаниям, предусмотренным подпунктами 2) и 3) пункта 1 статьи 52 ТК, не допускается с беременными женщинами, предоставившими работодателю справку о беременности, женщинами, имеющими детей в возрасте до трех лет, одинокими матерями, воспитывающими ребенка в возрасте до четырнадцати лет (ребенка-инвалида до восемнадцати лет), иными лицами, воспитывающими указанную категорию детей без матери.

Согласно подпунктам 2) и 3) пункта 1 статьи 52 ТК, трудовой договор с работником по инициативе работодателя может быть расторгнут в случаях:
2) сокращения численности или штата работников;
3) снижения объема производства, выполняемых работ и оказываемых услуг, повлекшего ухудшение экономического состояния работодателя

Следовательно, если бы Ваш супруг воспитывал ребенка без матери, то работодатель не смог бы расторгнуть с ним трудовой договор по указанным двум основаниям, по всем остальным основаниям предусмотренным статьей 52 ТК, расторжение трудового договора было бы возможно.

В Вашем же случае расторжение трудового договора по инициативе работодателя возможно по любым основаниям, предусмотренным статьей 52 ТК.

Самый корректный способ — увольнение и приём заново в обеих организациях. В А — по совместительству, в Б — на основную работу.

Понимаю, что в случае с генеральным директором эта процедура более хлопотная, чем в случае с обычным работником. Но поверьте, это единственный абсолютно корректный способ поменять местами основное место и место работы по совместительству.

Если нет, то Вам всё равно придётся увольняться с основного места работы. Хотя бы потому, что трудовая книжка ведётся на основном месте работы. Если Вы меняете основное место работы, трудовая книжка тоже должна перейти на основное место. Но получить её без увольнения с места А — невозможно.

Я хорошо понимаю, что Вы распоряжаетесь этим сами, что оба Ваших рабочих места могут быть вообще в одном кабинете. Это не имеет значения. Формально Вы работаете в двух разных организациях, и это нужно понимать.

Таким образом, у Вас два варианта:

1.Вы увольняетесь с обоих рабочих мест и принимаетесь заново. Теперь уже в А по совместительству, в Б — на основное место.

2.На рабочем месте А Вы делаете запись в трудовой книжке о работе по совместительству в организации Б. На основании справки из Б.

Затем увольняетесь из А.

Затем вносите в трудовую  новую запись: заголовок с наименованием организации Б и далее запись о том, что с такого-то числа работа в должности генерального директора стала основной. Ссылка на приказ.

Далее будет нужно поступить в А по совместительству.

2'.Уволиться из А без записи в трудовой о работе в Б. В организации Б делаете запись: заголовок с наименованием организации Б, запись о принятии в Б с первого дня работы в Б, запись о периоде работы по совместительству. Ссылка на приказ о приёме. Например: Принят на должность генерального директора. С 1 января 2013 по 28 июля 2016 — по совместительству".

Далее будет нужно поступить в А по совместительству.

Такой порядок рекомендован Письмом Роструда от 22 октября 2007г. № 4299-6-1.

Напоминаю, что записи в трудовой книжке не могут существовать сами по себе. Они отражают реальные, фактические кадровые перемещения.