Имеете, так как у помощи разные обоснования.

Организация признается налоговым агентом по НДС, если арендует государственное или муниципальное имущество непосредственно у органов государственной власти или местного самоуправления(абз.1п.3.ст161НК РФ) Однако, однозначного ответа на то, что организация должна платить НДС в бюджет при аренде муниципал.или государств.имущества в законодательстве нет.Далее можно привести несколько судебных решений противоречащих друг другу, итогом которых является вывод: учитывая отсутствие единого толкования п.3 ст.161 НК РФ, в рассматриваемой ситуации окончательное решение организация должна принять самостоятельно.

Действительно, надо было встать на учет в течении пяти дней.Штраф могут выписать в течении трех лет.Но, порядок, по которому назначается штраф, строго регламентирован.В начале инспектор составляет акт, на который Вы можете представить возражения.Затем акт и все материалы рассматривает руководство ИФНС.И лишь они могут принять решение о привлечении к ответственности.Это решение можете обжаловать аргументом в Вашу пользу: так как Вы подаете декларации с 2010 года, налоговики давно знают о том, что Вы являетесь платильщиком этого налога.Поэтому они могли сами поставить Вас на учет (согласно п.10 ст.83 НК РФ .....«Налоговые органы на основе имеющихся данных и сведений о налогоплатильщиках обязаны обеспечить постановку их на учет(снятие их с учета)… и т.д.)    Только не ругайтесь с ними.Спокойно отработайте ситуацию.