С какой вероятностью случайно выбранная четырехнуклеотидная последовательность ДНК будет идентична стандартному сайту Dam-метилазы E. coli (GATC)?
Приведите ответ в виде десятичной дроби, округлив до - вопрос №3192604
Что-то я сам себя запутал и, что хуже, не могу пока распутаться. У меня выходит, что ответ зависит от того, является ли сайт связывания палиндромом. Уточню рассматриваемую формулировку задачи (для исходной задачи эти уточнения не важны).
Рассматривается гипотетическая метилаза M (сферическая в вакууме) со свойствами 2–3.
Она распознаёт единственный (произвольно фиксированный) 4-буквенный сайт связывания S.
После связывания с сайтом — M метилирует соответствующие 4 пары нуклеотидов (обе цепи ДНК).
Вопрос: какова вероятность, что M полностью метилирует случайный участок ДНК длиной 4?
Ответ: такая же, как в исходной задаче, если S палиндром, и вдвое большая, если нет. (???)
Обоснование ответа: если сайт не является палиндромом, то подойдёт как его последовательность, так и обратно комплементарная к ней (во втором случае фермент свяжется с противоположной цепью и всё равно метилирует эти 4 пары нуклеотидов; например, если сайт связывания — AAAA, то подойдёт как AAAA, так и TTTT); но в случае палиндрома подходит лишь его последовательность (комплементарная самой себе), т.к. ни на какое другое слово фермент не сядет (например, в случае GATC подойдёт лишь последовательность GATC, т. к. на комплементарной цепи уже́ стоит GATC).
Ну и собственно моё недоумение: откуда берётся эта разница? Здравый смысл подсказывает, что ответ в задаче (1–4) не должен зависеть от нуклеотидного состава S. Я где-то ошибся? Или всё так и есть, и с этим надо просто смириться? :-)