Здравствуйте. Оба слова произошли от названия области Древней Греции, где впервые был обнаружен магнитный железняк, «Магнезия». Заимствования происходили в разное время, а в греческом языке в разные периоды наблюдалось разное произношение данной буквы: то как «е», то как «и».Поэтому если слова одного корня заимствовались другими языками в разное время, они могли прибыть туда в неодинаковом звучании.