Выплаты на патенте - вопрос №1758559

Ваша ситуация заключается в том, что для налоговых органов Вы являетесь двумя разными субъектами налогооблажения. С одной стороны Вы — наемный работник по трудовой, т.е. физлицо, который вносит установленные Налоговым кодексом платежи по фондам, что Вы указали. С другой стороны — Вы предприниматель, который получает доходы и согласно НК РФ эти доходы тоже подпадают под налогооблажение. В Налоговом есть единственная отсылка на исключение двойного налогооблажения на физические лица:
Статья 232. Устранение двойного налогообложения[Налоговый кодекс РФ] [Глава 23] [Статья 232]

1. Фактически уплаченные налогоплательщиком, являющимся налоговым резидентом Российской Федерации, за пределами Российской Федерации в соответствии с законодательством других государств суммы налога с доходов, полученных за пределами Российской Федерации, не засчитываются при уплате налога в Российской Федерации, если иное не предусмотрено соответствующим договором (соглашением) об избежании двойного налогообложения.

2. Если иное не установлено настоящим Кодексом, для освобождения от уплаты налога, проведения зачета, получения налоговых вычетов или иных налоговых привилегий налогоплательщик должен представить в налоговые органы официальное подтверждение того, что он является резидентом государства, с которым Российская Федерация заключила действующий в течение соответствующего налогового периода (или его части) договор (соглашение) об избежании двойного налогообложения, а также документ о полученном доходе и об уплате им налога за пределами Российской Федерации, подтвержденный налоговым органом соответствующего иностранного государства. Подтверждение может быть предоставлено как до уплаты налога или авансовых платежей по налогу, так и в течение одного года после окончания того налогового периода, по результатам которого налогоплательщик претендует на получение освобождения от уплаты налога, проведения зачета, получения налоговых вычетов или иных налоговых привилегий.

3. При исчислении суммы налога в отношении доходов контролируемой иностранной компании применяется порядок зачета суммы налога, уплаченного в иностранном государстве, предусмотренный пунктом 11 статьи 309.1 настоящего Кодекса.

Исходя из которой понятно, что к Вам она не применима в этой ситуации. Момент совмещения и разделени два в одном — отсутствует.
В качестве согласия или нет, могу сказать, что налог в ПФР Вы не оспорите, т.к. доход Вы получаете. Налог в ФФОМС — не уверен, думаю, что тоже от него не отступятся, хотя логика, согласен, вываливается — два больничных по одному факту не выдают и компенсацию не суммируют.
Единственное, что могу подсказать, что как ИП примите сами себя на работу и в случае необходимости не пожалейте на себя денег для лечения или помощи, они подпадают под освобождение от налога ст.217 НК:
10) суммы, уплаченные работодателями за оказание медицинских услуг своим работникам, их супругам, родителям, детям (в том числе усыновленным), подопечным в возрасте до 18 лет, а также бывшим своим работникам, уволившимся в связи с выходом на пенсию по инвалидности или по старости, и оставшиеся в распоряжении работодателей после уплаты налога на прибыль организаций;
Как вариант, для решения вопроса с первоисточником, сделайте письменный запрос (отправьте заказным с уведомлением) на налоговою службу о возможности корректировки структуры налога или уменьшения сумы, которую Вы вносите. По крайней мере, если откажут, то для Вас ничего нового. 

Не хотелось бы Вас огорчать, но взносы за себя уплачиваются всеми предпринимателями, независимо от применяемой системы налогообложения, размера доходов (убытков), предприниматели, стоящие на учете как ИП, но не осуществляющие деятельность, а также работающие по трудовому договору где-то еще, также обязаны перечислять взносы в полном объеме. Если с Вами заключен трудовой договор, то взносы в ФСС и ПФР не Вы оплачиваете за себя, а Ваш работодатель, Вы же при этом никаких расходов не несете, кроме уплаты НДФЛ.